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舞台是距今不远的未来世界，此时人类的科学技术已经非常的发达了，通过人类发明了“神经连接纳米机器（NLN）”，人类的意识可以完美的跟网络连接到一起。男主角御影礼望14岁的妹妹也是其中的一个，她将自己的身体存放在了一个充满了培养液的“Body Pool”之中，意识就完全的融入了网络。但是由於连接网络的人越来越多，网络服务器终於不堪重负，数以万计的使用者的灵魂在网络中丢失，只留下了躺在“Body Pool”之中没有意识的躯体。为了夺回自己亲爱的妹妹的灵魂，把妹妹诗希带回到这个世界，少年来到了OMFC。但是这时他却发现从医院逃离出来的诗希身体存在的意识却不是诗希，少年还来不及思考这到底是怎麽一回事，他跟诗希就收到了不明的猛烈攻击。
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地球联邦军经历多场战役上令战力大大削减，而且地球联邦军内部高层在一年战争後开始腐败，使腐败风气一直维持下去，加上不断战争令到地球受到严重的污染，使人类开始慢慢迁移宇宙殖民地生活。 U.C.0140年，受到「殖民地主义」抬头下，各宇宙殖民地为了确立自治权的权利，纷纷建立各自的势力，脱离地球联邦军的统治，於是宇宙战国时代正式爆发。其中Side2以女政治家玛丽亚·阿莫尼为首参政，在U.C.0150年建立赞斯卡尔帝国，更推行「玛丽亚主义」，一方面得到宇宙殖民地的人民支持，另一方面实行恐怖政治－「断头台主义」，以进行武力侵略压制其它宇宙殖民地。之後赞斯卡尔帝国为了扩展势力，更以建立新秩序为理由向地球联邦军宣战，在U.C.0153年地球侵略部队－「卑斯帕」对地球实行侵略计划，卑斯帕部队首先压制各欧洲的城市，作为侵略地球的重要据点。同时，为了抵抗赞斯卡尔帝国的侵略，由原属地球联邦军士兵、阿纳海姆公司成员和民间组织组成「神圣军事同盟」的组织，已经在欧洲各个城市上作出零星的对抗，而且利用「高达」的名气，在不同据点进行开发新型机动战士—「V高达」去抵抗赞斯卡尔帝国的攻击。 本故事主角胡索·艾宾在加沙里尼亚使用滑翔伞飞行的时候遇上赞斯卡尔帝国的新型试作机动战士，在混乱中搭上新型试作机动战士，於是胡索·艾宾卷入赞斯卡尔帝国与神圣军事同盟的战火中。
